QT化
Vina の GUI（AutoDockTools）で “MACROMOLECULE” を処理しても、 それは “PDBQT 化しているだけ” であって、 ChimeraX が扱える “PDB のままの構造” にはなっていません。
つまり：
Vina 用の PDBQT は作られる（QT 化される）
しかし ChimeraX の minimize に使える “PDB” にはならない
この2つは完全に別物です。
◆ なぜ「QT 化された構造」は ChimeraX で minimize できないのか
AutoDockTools が MACROMOLECULE を処理すると：
原子に AutoDock 用の型（AD4 type） が付く
partial charge が Gasteiger になる
PDBQT 形式に変換される
ATOM/HETATM の標準 PDB ではなくなる
PDBQT は AutoDock Vina 専用のフォーマットであり、 ChimeraX はこれを “構造ファイル”として扱えません。
だから：
Vina の PDBQT をそのまま ChimeraX に入れて minimize はできない。
① Vina の結果（PDBQT）
↓
② OpenBabel で PDB に戻す
コード
obabel docked.pdbqt -O docked.pdb
↓
③ ChimeraX に読み込む
コード
open protein_clean.pdb
open docked.pdb
↓
④ minimize
コード
minimize nsteps 200
この流れなら 100% 安定して動きます。
◆ では「MACROMOLECULE で QT 化した PDB」はどう扱う？
AutoDockTools が出す receptor.pdbqt は：
Vina の入力としては正しい
ChimeraX の minimize には使えない
OpenBabel で PDB に戻せば使える
つまり：
QT 化された構造は “Vina 用の中間形式” であって、 解析や最小化に使うには一度 PDB に戻す必要がある。
2026年2月15日 | カテゴリー：AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
