ＣＨＩＭＥＲＡ上の中点作成法
いいですね、その発想そのまま “見える点” にできます。
ChimeraX を前提に、Cα–Cα の中点を空間に点として打つ最短ルートを書きます。
1. 2つの Cα を選ぶ
例：チェーン A の 100番とチェーン B の 150番の Cα
select #1/A:100@ca
select add #1/B:150@ca
2. その2点の中点座標を求めて「マーカー」を置く
ChimeraX には 選択中の原子の中心にマーカーを置くコマンドがあります：
marker create sel radius 0.8 color red
これで：
- 選択した2つの Cα の 幾何学的中心（中点） に
- 半径 0.8 の赤い点（マーカー）が
- 3D 空間上に 1 個 打たれます。
これが先生の言う 「cc間の中点を Chimera の空間に点で打つ」 そのものです。
3. 複数ペアで繰り返したい場合
ペアごとに：
select #1/A:100@ca
select add #1/B:150@ca
marker create sel radius 0.8 color red
を繰り返せば、
各ペアの中点が空間に点列として並びます。
4. もし「番号で管理したい」なら
marker create sel radius 0.8 color red name mid_AB_100_150
とすれば、
マーカーに名前がつくので、後から
select @mid_AB_100_150
のように呼び出せます。
これで “中点を空間に見える形で打つ” ことができます。
もし「全 Cα ペアの中点を自動で打ちたい」など、もう一段階進めたくなったら、スクリプト化もできます。
2026年2月15日 | カテゴリー：AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
