ざいつアロステリック度

「じゃー、もともとが PDB 由来なら多量体情報も扱える？」

✔ 座標として書かれている多量体 → YES（OpenBabel で扱える） ✘ BIOMT でしか書かれていない多量体 → NO（OpenBabel では扱えない）

必要なら、 「PDB → ChimeraX で多量体再構築 → OpenBabel 整形 → Vina → ChimeraX 最小化」 までの完全自動化スクリプトを作れます。

◆ 2. PDB に「書かれていない多量体（BIOMT）」

→ OpenBabel は扱えない（NO）

PDB の多くは、 実際の生物学的多量体を座標として書いていません。

代わりに：

REMARK 350
BIOMT1 / BIOMT2 / BIOMT3

などの 対称操作行列で「本来は 2 量体です」「本来は 4 量体です」と書かれています。

OpenBabel は：

BIOMT を読んで多量体を再構築する機能を持っていません。

つまり：

PDB に座標が書かれていない多量体
対称操作で再構築が必要な多量体

→ OpenBabel では再構築できない。

いいですね、その流れをそのまま一本のワークフローにしましょう。
ここでは：

シェルスクリプト（全体の司令塔）
ChimeraX コマンドファイル（多量体再構築）
Vina 実行
ChimeraX で最小化

までをそのままコピペで使える形で出します。

1. 全体を回すシェルスクリプト（`run_pipeline.sh`）

#!/bin/bash
# 使い方:
#   ./run_pipeline.sh 4iwd.pdb ligand.smi

PDB_IN=$1        # 元の PDB（単量体でもOK）
LIG_SMI=$2       # リガンドの SMILES ファイル（1行）

BASENAME=job1    # 適宜変更

echo "[1] ChimeraX で多量体再構築 & clean PDB 作成..."
chimerax --nogui << EOF
open $PDB_IN
# 生物学的多量体を再構築（必要に応じて sym に変更）
biomt #1
# 水・イオン・リガンド除去（必要に応じて調整）
delete solvent
delete ions
delete ligand
addh
addcharge
save ${BASENAME}_protein_clean.pdb format pdb
close all
EOF

echo "[2] OpenBabel でリガンド 3D 生成..."
obabel "$LIG_SMI" -O ${BASENAME}_ligand.mol2 --gen3d

echo "[3] Vina 用に PDBQT 変換..."
obabel ${BASENAME}_protein_clean.pdb -O ${BASENAME}_protein.pdbqt
obabel ${BASENAME}_ligand.mol2 -O ${BASENAME}_ligand.pdbqt

echo "[4] Vina ドッキング実行..."
vina \
  --receptor ${BASENAME}_protein.pdbqt \
  --ligand   ${BASENAME}_ligand.pdbqt \
  --center_x 0 --center_y 0 --center_z 0 \
  --size_x 20 --size_y 20 --size_z 20 \
  --out ${BASENAME}_docked.pdbqt \
  --log ${BASENAME}_vina.log

echo "[5] OpenBabel で docked PDBQT → PDB 変換..."
obabel ${BASENAME}_docked.pdbqt -O ${BASENAME}_docked.pdb

echo "[6] ChimeraX でタンパク＋リガンド読み込み & 最小化..."
chimerax --nogui << EOF
open ${BASENAME}_protein_clean.pdb
open ${BASENAME}_docked.pdb
# 必要ならモデル結合や ID 調整をここで
minimize nsteps 200
save ${BASENAME}_minimized.pdb format pdb
close all
EOF

echo "完了: ${BASENAME}_minimized.pdb が λ 計算・ポケット解析用の最終構造です。"