空洞解析
空洞解析ツール（CASTp、fpocketなど）
空洞・ポケット・“ゲルの入れ物”を定量化するためのツールとしては：
- CASTp
- タンパク質表面・内部のポケット／キャビティの体積・面積を計算
- 活性部位ポケットの幾何学的特徴を取るのに向いている
- 「空洞体積」「開口部の大きさ」などを HRA の構造パラメータにできる
- fpocket
- 疎水性・形状・ドラッガビリティを含めたポケット検出
- 「水が溜まりやすい／リガンドが入りやすい空洞」の特徴量が取れる
- 空洞の“性質”（疎水性／親水性）を数値化しやすい
- DoGSiteScorer
- ポケットの形状・体積・薬理学的スコアを出してくれる
- HRA 的には「どの空洞が“共鳴場”になりうるか」の候補選別に使える
- CASTp／fpocket で
「空洞体積」「空洞数」「連結性」「疎水性スコア」- を構造ベクトルとして取り出す
- それを酵素半減期と突き合わせて、
どの空洞パラメータが λ（有効障壁）と同変するかを見る
2026年2月4日 | カテゴリー：AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
