内部水の解析
内部水の解析方法
内部水は HRA の心臓部なので、段階を分けて扱うとよいです。
① PDBレベルでの“固定水”解析
- 結晶構造に含まれる水分子（HOH）を抽出
- 内部（埋もれた）水 vs 表面水を分類
- 「空洞内の水の数」「水−側鎖の水素結合数」などを数える
→ “ゲルの水成分”の静的な指標として使える
② MDを使った“動的水”解析（余力が出てから）
- 短時間（数十〜数百 ns）のMDを回して：
- 空洞内の水の滞在時間
- 水の交換頻度
- 水−側鎖の水素結合の寿命
- これを
「水の“粘弾性”＝ジェルの性質」
の代理として λ のパラメータ候補にする
- WaterMap系（Schrödinger系）や GIST（Grid Inhomogeneous Solvation Theory）などで
- 水の自由エネルギー分布を取る
- → ただしここは商用・重いので、最初は PDB＋簡易MDで十分
まとめると
- ECクラスの開始点： EC 3（特にリゾチーム・セリンプロテアーゼ・サブチリシン）
- 構造パラメータ： 空洞体積・空洞数・疎水性・内部水の数／位置
- ツール： CASTp／fpocket＋PDB水解析（必要ならMD）
- 目的：
「空洞＋側鎖＋水ジェル」の特徴量と
酵素半減期（安定性）の同変性をまず見る → λ の中身の見当をつける
ここまでやると、
「どのパラメータが本当に“水和共鳴”に効いていそうか」
かなり輪郭が見えてくるはず。
2026年2月4日 | カテゴリー：AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
