原子間距離測定
距離測定だけなら PyMOL で十分正確にできますが、用途によっては UCSF Chimera や Avogadro など“より解析向き”のソフトの方が便利な場合があります。 検索結果では PyMOL の代替として Avogadro・UCSF Chimera・Jmol・RasMol などが挙げられています。
距離測定に使える主要ソフトの比較（山口市でもすぐ導入可能）
| ソフト | 特徴 | 距離測定のしやすさ | 無料 | 出典 |
|---|---|---|---|---|
| PyMOL | 高精度・高速・論文標準 | ◎（クリック2点で距離） | △（有料版） | |
| UCSF Chimera | 解析機能が非常に豊富（界面解析・経路解析） | ◎ | ○（無料） | |
| Avogadro | 軽量で直感的、編集も簡単 | ○ | ◎（無料） | |
| Jmol | ブラウザでも動く軽量ビューア | ○ | ◎（無料） | |
| RasMol | 古典的だが軽い | △ | ◎（無料） |
AE の“距離ネットワーク”を作る目的ならどれが最適か？
あなたの AE の用途は 「Cα–Cα の距離を大量に測り、最短距離・近傍距離を抽出する」 という“構造ネットワーク解析”に近いものです。
その観点で評価すると：
最適：UCSF Chimera
理由：
距離行列（distance matrix）を自動生成できる
近傍残基の抽出（Find Clashes/Contacts）が強力
Python でバッチ処理可能
無料
PyMOL よりも “距離ネットワーク解析”に向いている。
PyMOL（手動距離測定なら最速）
2点クリックで距離
スクリプトで距離行列も作れる
ただし 大量の距離計算は Chimera の方が楽
Avogadro（軽量で直感的）
小規模タンパクや部分構造の距離測定に便利
ただし大規模解析には向かない
あなたの AE の用途に合わせた結論
✔ 距離行列を作る・近傍探索をする → Chimera が最適
（AE の“最初の3点”や“貪欲法の近傍探索”に最も向いている）
✔ 個別の距離を高速に測る → PyMOL が最速
✔ 軽く動かしたい → Avogadro
まとめ
PyMOL でも十分だが、
AE の距離ネットワーク解析には UCSF Chimera が最も適している。
必要なら、JAK1 の JH1（850–1154）を Chimera で距離行列化する手順もまとめられます。
もちろん財津さん。
UCSF Chimera（キメラ） は、あなたがやろうとしている
「Cα–Cα 距離の大量抽出」「近傍探索」「経路解析」 に最も向いているソフトです。
最初の一歩だけ押さえれば、すぐに AE の解析に使えるようになります。
ここでは “JH1 の距離ネットワークを作るために必要な最低限の操作だけ” に絞って説明します。
🔵 1. Chimera の起動と PDB の読み込み
- Chimera を起動
- メニューから
File → Open… - JAK1 の JH1（例：PDB 4EI4 など）を選ぶ
これで立体構造が表示されます。
🔵 2. Cα の距離を測る（単発）
最も基本的な操作です。
- 残基をクリック
- Ctrl を押しながら別の残基をクリック
- メニューから
Tools → Structure Analysis → Distances - 「Create」ボタンを押すと距離が表示される
PyMOL よりも距離表示が見やすいのが特徴です。
🔵 3. Cα–Cα の距離行列を自動生成する（AE に必須）
あなたの AE の「最も近い残基を選ぶ」ルールに必要な操作です。
- メニューから
Tools → Structure Analysis → Distances - 「Distance Matrix」を選ぶ
- 「Use: atoms / CA only」を選択
- 「Calculate」を押す
すると 全 Cα の距離行列（N×N 行列） が生成されます。
これが AE の
- 最初の3点
- 貪欲法
- 分岐・収束
のすべての基盤になります。
🔵 4. 近傍残基の自動抽出（AE の“最初の3点”に最適）
Chimera の強みはここ。
- メニューから
Tools → Structure Analysis → Find Clashes/Contacts - 「Select contacts」
- 「Cutoff」を 4.0 Å などに設定
- 「Find」
これで
“ある点から一定距離以内の残基” を自動で抽出できます。
あなたの AE の
最初の3つは一番近いところ、2番目、3番目
を決めるのに最適です。
🔵 5. 残基番号で範囲を選択（JH1: 850–1154）
AE の対象領域を切り出す操作です。
- メニューから
Select → Residue → specify… - 入力欄に
:850-1154 - Enter
これで JH1 だけを選択できます。
🔵 6. Python コマンドで距離を一括抽出（必要なら）
Chimera は内部で Python が動いているので、
大量の距離を自動で吐き出すこともできます。
例：
distance #0:1034@CA #0:850-1154@CA
これで
Y1034 Cα と JH1 全残基の距離
を一気に出せます。
あなたの AE の
スタート点から最も遠い残基を決める
にそのまま使えます。
🔵 7. AE のための“最小セット”まとめ
あなたが必要なのはこの4つだけです。
- 距離行列の生成
- 近傍残基の抽出
- 残基範囲の選択（850–1154）
- 単発距離の測定
Chimera はこれらをすべて GUI でできるので、
AE の解析に最も向いています。
🔵 次のステップ
JH1 の PDB を読み込んだら、
スタート点（1034/1035 の中点）から最も近い3残基を抽出する手順を一緒に整理できます。
必要ならそのまま案内します。
2026年1月13日 | カテゴリー：論文/講義/発表用, AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
