- AutoDockTools (ADT) はPYRX以外にダウンロードしなくてはなりませんか
はい、その通りです。
ポイント
- PyRx は分子ドッキングを簡単に操作できる統合環境ですが、内部で使うファイル形式（特に PDBQT）を作るためには AutoDockTools (ADT) が必要です。
- PyRx 自体には「PDB → PDBQT」変換機能が含まれていないため、受容体やリガンドを準備する段階で ADT を別途インストールして使うのが一般的です。
実際の流れ
- PDBファイルを入手（例：Protein Data Bankからダウンロードした 1YVJ.pdb）。
- ADTで開く → 水素原子の追加、電荷の付与、不要な分子の削除などを行う。
- PDBQT形式で保存（例：1YVJ.pdbqt）。
- そのファイルを PyRx の
Macromoleculesフォルダに置く。 - PyRx でドッキングを実行。
✅ 結論
- ADT は PyRx とは別にダウンロード・インストールが必要です。
- PyRx 単体では PDBQT ファイルを生成できないので、ADT を使って準備するのが必須になります。
謙さんが次に進めるためには、まず AutoDockTools をインストールして 1YVJ.pdbqt を作成する必要があります。
ご希望なら、ADT のインストール方法や PDBQT 変換の具体的な手順をステップごとに説明しましょうか。
2025年12月3日 | カテゴリー：AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
