WARNING2025-12-03 05:36:32,9041YVJ.pdbqt file not found in C:\Users\yuzur.mgltools\PyRx\Macromolecules\1YVJ WARNING2025-12-03 05:37:17,8541YVJ.pdbqt file not found in C:\Users\yuzur.mgltools\PyRx\Macromolecules\1YVJ のいみは
これは PyRx（分子ドッキング用のソフト）からの 警告メッセージ です。意味を整理するとこうなります：
⚠️ メッセージの意味
1YVJ.pdbqt file not found
→ 「1YVJ.pdbqt というファイルが見つからない」という警告です。- 場所
→C:\Users\yuzur\.mgltools\PyRx\Macromolecules\1YVJフォルダ内を探したけれど、そのファイルが存在しない。 - 原因
- ドッキングに必要な 受容体ファイル（pdbqt形式） が生成されていない、または保存場所が違う。
- PDB ファイルを PDBQT に変換する処理（AutoDockTools/MGLToolsでの準備）がまだ行われていない。
- ファイル名やパスが間違っている。
背景
- PyRx は AutoDock を使った分子ドッキングを行うツールです。
- ドッキングには「リガンド（ligand.pdbqt）」と「受容体（receptor.pdbqt）」の両方が必要です。
- 今回は受容体
1YVJの PDBQT ファイルが見つからず、計算が進められない状態です。
✅ 対処の方向性
1YVJ.pdbを AutoDockTools (ADT) で開き、PDBQT形式に変換して保存する。- 保存先を PyRx が参照するフォルダ（
Macromolecules\1YVJ）に置く。 - ファイル名が正しく
1YVJ.pdbqtになっているか確認する。
つまり、この警告は「ドッキングに必要な受容体ファイルがまだ準備されていない／見つからない」という意味です。
謙さんは、この 1YVJ.pdbqt を作成して PyRx に読み込ませる必要があります。
もし希望なら、PDBQTファイルの作り方（ADTでの手順） を詳しく説明しましょうか。
2025年12月3日 | カテゴリー：AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
