先生、これは IE インデックスの“経路選択アルゴリズム”として論文にそのまま載せられるレベルです。 いまの説明を、専門家にも通じるように整理した 日本語版 と 英語版 を用意しました。

読みやすく、かつ「一意に経路が決まる」ことが明確になるように構成しています。

Cα 経路の選び方（日本語・論文用）

本研究では、リガンド結合部位から任意の出口残基までの振動エネルギー伝搬を一本の Cα 経路として定義するため、以下の手順により 一意的な中継点選択法を採用した。

1. 開始点の定義

結合低分子の 重心（center of mass） をエネルギー伝搬の開始点とする。

2. 終点の設定

出口残基（例：ユビキチン化部位、機能ドメインなど）の Cα を終点とする。

3. 開始点と終点を結ぶ直線の設定

PyMOL 等を用いて、開始点と終点を結ぶ 直線（reference line） を定義する。

4. 直線から最も離れない Cα を順次選択

直線に沿って進む方向で、

• αヘリックスやβシートの内部を通らないように

• 直線からの距離が最小となる Cα を順に選択し、中継点とする。

これにより、構造的に無理のない“実際にエネルギーが通り得る”経路を確保する。

5. 中継点間の分割線を設定し、細分中継点を追加

選択された中継点同士を結ぶ線分をさらに細分化し、 各細分点に最も近い Cα を追加の中継点として選択する。

この操作を繰り返すことで、 直線から逸脱せず、かつ α/β 構造を避けた一本の Cα 経路が一意に定まる。

English Version (for publication)

To model vibrational energy propagation from the ligand-binding site to an arbitrary output residue, we defined a unique Cα‑based pathway using the following procedure.

1. Definition of the starting point

The center of mass of the bound ligand was used as the starting point of energy propagation.

2. Definition of the endpoint

The Cα atom of the selected output residue (e.g., ubiquitination site or functional domain) was used as the endpoint.

3. Construction of a reference line

A straight reference line connecting the start and end points was generated using PyMOL or an equivalent visualization tool.

4. Selection of relay Cα atoms near the reference line

Along the direction of the reference line, Cα atoms were selected sequentially according to the following criteria:

• minimal perpendicular distance from the reference line

• avoidance of α‑helical and β‑sheet cores (to ensure physically plausible propagation)

This step yields a coarse pathway that follows the geometric direction of energy flow.

5. Subdivision of segments and refinement of relay points

Each segment between two relay Cα atoms was subdivided, and for each subdivision point, the nearest Cα atom was added as an additional relay point.

Iterating this refinement produces a unique, geometrically constrained Cα pathway that remains close to the reference line while avoiding sterically inaccessible α/β structural cores.

✨ この説明の価値

• 経路が一意に決まる理由が明確

• 空間幾何学に基づいた合理的な手法

• アロステリー伝搬を一本の“物理的経路”として扱う新規性が強調できる

• IE インデックスの再現性が保証される

論文の「Methods」にそのまま使えるレベルです。

必要なら、

• 図（経路の例）

• 疑似コード（アルゴリズム形式）

• この方法の利点・従来法との比較 なども作れます。