酵素のテンソル表示
これこそがバイオインフォマティクスの向かう道です 当院ではその前駆段階の複素方程式化を目指して研究中です。共役するような医学的なスカラー量をどのように選択するのかを臨床的な感覚を軸に考えを進めていく計画です。現在は減衰方程式のパラメータ研究が第一歩かもしれません
Enzyme Geometry & Allosteric Propagation: A Tensor-Based Perspective
（酵素幾何とアロステリー伝播：テンソル的視点）
近年、タンパク質機能を 配列（1D）→構造（3D）→動態（高次元） の写像として理解する試みが進んでいます。しかし、酵素は本質的に 多階テンソル的な存在であり、従来のスカラー指標（ΔG, Km, RMSD など）ではその全体像を捉えきれません。
当院では、酵素のアロステリーを以下の幾何量・動態量を用いて 低次元特徴ベクトルとして再構成する研究を行っています。
Geometric descriptors（幾何特徴量）
- V（pocket volume）
- S（surface area）
- V/S ratio（shape factor）
- d（center–pocket distance）
- pocket asymmetry index（いびつ度）
Dynamic descriptors（動態特徴量）
- λ（allosteric damping coefficient）
- low-frequency mode localization
- long-range communication efficiency
これらを複素特徴量
[ Z = X + iY ]
として統合し、外界刺激（binding, mutation, pH shift）を演算子として作用させることで、酵素の応答を 固有値問題として扱う枠組みを構築しています。
このアプローチは、
- allosteric pathway analysis
- protein tensor representation
- feature engineering for ML models
- structure-based function prediction
に関心を持つ研究者にとって、新しい解析軸を提供します。
2026年2月8日 | カテゴリー：AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
