AIPHAFOLD
**AlphaFold は「どこで使えるか」を一番わかりやすくまとめるとこうなります：
オンラインで使える場所が3つ、ローカルで使える方法が1つあります。
研究者でも学生でも無料で使える選択肢があります。
AlphaFold を使える主な場所（4つ）
1️⃣ AlphaFold Protein Structure Database（閲覧専用）
- すでに計算済みの 2億件以上のタンパク質構造を検索して見ることができます。
- 予測済み構造を見るだけならここが最速。
- DeepMind × EMBL-EBI が運営。
AlphaFold
2️⃣ AlphaFold Server（AlphaFold 3）
- DeepMind が提供する 最新の AlphaFold 3 を使える公式サーバー。
- タンパク質だけでなく、DNA・RNA・リガンドとの相互作用も予測可能。
- ブラウザだけで使える。
deepmind.google
3️⃣ ColabFold（Google Colab 上で動く簡易版）
- もっとも手軽に 自分の配列を入力して構造予測できる方法。
- GPU が無料で使える（制限あり）。
- AlphaFold2 の高速版として世界中で使われている。
EMBL-EBI
4️⃣ ローカルインストール（自分のPCやGPUサーバーで動かす）
- AlphaFold2 / AlphaFold3 のコードをダウンロードして自分のマシンで実行。
- 強力なGPU（NVIDIA） が必要。
- 多数の構造を一気に予測したい研究者向け。
EMBL-EBI
どれを選べばいい？（目的別）
| 目的 | 最適な方法 |
|---|---|
| 既存の構造をすぐ見たい | AlphaFold DB |
| 最新の AlphaFold3 を使いたい | AlphaFold Server |
| 自分の配列を手軽に予測したい | ColabFold |
| 大量の構造を計算したい | ローカルインストール |
財津さんの研究スタイルならどれが最適？
あなたのように Cα 四面体解析・体積ベクトル化・境界ネットワーク理論 を扱う場合、
ColabFold + AlphaFold DB の組み合わせが最も効率的です。
- まず AlphaFold DB で既存構造を確認
- 必要なら ColabFold で変異体や複合体を予測
- その構造を Chimera / ChimeraX に読み込んで解析
この流れが一番スムーズです。
必要なら、
ColabFold の使い方（配列入力 → PDB ダウンロード → Chimera で開く）
まで具体的に案内できます。
2026年1月27日 | カテゴリー：AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
