USCF chimera で 原子間の距離を 測定
①まず 蛋白を PDBからFETCHしてくる
②気になるアミノ酸を (tool bar)のaction>ball and stick>show でその場所だけ分子表示になる
③二つの原子を選ぶ 一個目：ctrl+leftclick 二つ目：ctrl +shift+leftclick
④tools>structure analysis>>>create でポップアップWINDに表示され 同時に 立体画面にも表示される
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
UCSF Chimeraの操作（２）
• 選択（selection）– 「Ctrl」キーを押しながら左クリック– 選択を追加する時は、「Ctrl」と「Shift」キーを押しながら左ク
リック– 何もないところを「Ctrl」キーを押しながら左クリックすると解除– 「↑」キーで、選択範囲を原子→残基→2次構造エレメント→チェ
イン→分子の順に拡大
• フォーカス– メニューの「Actions」→「Focus」で選択された原子を拡大表示
する
12
表示の変更（１）
• メニューの「Actions」を用
いる
1. 「Actions」→「Atoms/Bonds」
→「show」
2. 「Actions」→「Ribbon」
→「hide」
3. 「Actions」→「Color」
→「by element」
• 選択している場合は、選
択された原子の表示が
変わる
13
表示の変更（２）
• 「Actions」→「Surface」
→「show」で分子表面
を表示
• 「Tools」→
「Surface/Binding
Analysis」→
「Coulombic Surface
Coloring」で静電ポテン
シャルで色分け
（少し時間がかかる）
青：正に帯電
赤：負に帯電
2026年1月24日 | カテゴリー：論文/講義/発表用, AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
