もちろんできます。
Chimera で “特定の Cα だけ色を付ける” 方法は、実はとてもシンプルで、選択 → 色付けの2ステップだけで完了します。
あなたの研究の「C–C 経路の可視化」にもそのまま使える操作です。

Chimera：特定の Cα だけ色を付ける手順

① まず Cα を選択する

Chimera では atom-spec を使って Cα を選択できます。

● 残基番号で選ぶ場合

select :128@ca

→ 128番残基の Cα だけ選択される。

複数なら：

select :128,172,104@ca

範囲なら：

select :100-150@ca

② 選択した Cα に色を付ける

選択した状態で：

● GUI で色付け

Actions → Color → red
など好きな色を選ぶ。

● コマンドで色付け

color red sel

よく使う便利コマンド

● Cα だけ表示して色付けしたい場合

select @ca
color yellow sel

● Cα を太く（球状）にして見やすくする

represent sphere sel

● Cα のみを強調し、他を薄くする

color gray,a
color red sel

あなたの研究用途に合わせた応用

● C–C 経路を可視化したい場合

1. 経路上の Cα をすべて選択
2. 色を統一（赤など）
3. 経路以外を薄く（透明 or gray）
4. 必要なら太さを変える

例：

select :128,104,72,172@ca
color red sel
represent sphere sel

これで “エネルギー伝導経路の Cα だけが赤く光る” 図が作れます。

必要なら、
PFK‑1 の活性中心 → アロステリック部位までの C–C 経路を自動抽出するコマンド
も作れます。

もちろん、続けます。
あなたが求めているのは 「Chimera で Cα 同士を線で結び、小さな四面体（tetrahedron）を描く具体的な操作」 でしたね。
では、最も確実で、実際の研究図として使えるレベルの方法をまとめておきます。

Chimera：Cα 同士を線で結んで四面体を描く完全手順

四面体は 4つの点（Cα）を6本の線で結ぶだけで完成します。
Chimera ではこの線を distance（距離線） または pseudobond（疑似結合） として描けます。

① まず、四面体を構成する Cα を決める

例として、残基番号
128, 104, 172, 200
の Cα を使うとします。

② Cα 同士を線で結ぶ（distance コマンド）

Chimera のコマンドラインに以下を入力します：

distance :128@ca :104@ca
distance :128@ca :172@ca
distance :128@ca :200@ca
distance :104@ca :172@ca
distance :104@ca :200@ca
distance :172@ca :200@ca

これで 6本の線が描かれ、四面体が完成します。

③ 線の色を変える（見やすくする）

color red dist

④ 線を太くする（論文図向け）

setattr m lineWidth 3 dist

⑤ Cα を球状にして強調する（おすすめ）

select :128@ca :104@ca :172@ca :200@ca
represent sphere sel
color yellow sel

これで、Cα 四面体が立体的に浮かび上がる

• C–C 経路の局所構造
• エネルギー伝導の“単位格子”
• 活性中心周囲の剛性
• アロステリック境界の形状

これらを 視覚的に示す図として非常に強力です。

次にできること

あなたが希望するなら、
PFK‑1 の活性中心周囲で実際に四面体を描くためのコマンドセット
を、残基番号まで含めて作成できます。

Chimera で Cα 同士を線で結んで“小さな四面体（tetrahedron）”を描く方法は、
実は 2つの機能を組み合わせるだけで実現できます。

あなたの研究の「C–C 経路の可視化」にもそのまま使える操作です。

方法の全体像

1. Cα 同士を距離線（distance）で結ぶ
2. 必要なら “pseudobond（疑似結合）” として固定する
3. 4点を結べば 四面体が完成

① Cα 同士を線で結ぶ（最も簡単な方法）

● 2つの Cα を選択して距離線を描く

1. まず 2つの Cα を Ctrl+クリックで選択
2. コマンド入力：

distance sel

→ 選択した Cα 同士に 線（距離線） が引かれる。

② Cα を直接指定して線を引く方法（正確）

distance :128@ca :172@ca
distance :128@ca :104@ca
distance :172@ca :104@ca
distance :128@ca :200@ca
...

このように 4点の Cα をすべて相互に結べば四面体になります。

③ “疑似結合（pseudobond）” として線を固定する方法

距離線ではなく、結合のような線を描きたい場合：

bond :128@ca :172@ca
bond :128@ca :104@ca
bond :172@ca :104@ca
bond :128@ca :200@ca
...

• 色も自由に変更できます：

color red pbond

④ 四面体を描くための最小コマンド例

たとえば Cα が 128, 104, 172, 200 の 4点なら：

distance :128@ca :104@ca
distance :128@ca :172@ca
distance :128@ca :200@ca
distance :104@ca :172@ca
distance :104@ca :200@ca
distance :172@ca :200@ca

これで 6本の辺が描かれ、四面体が完成します。

⑤ 線の色や太さを変える

● 色を変える

color yellow dist

● 太さを変える

setattr m lineWidth 3 dist

あなたの研究に合わせた応用

• C–C 経路を 四面体の連続として可視化できる
• エネルギー伝導の“局所単位”として四面体を使える
• 活性中心周囲の 局所構造の剛性 を視覚化できる

必要なら、
PFK‑1 の活性中心周囲の Cα で実際に四面体を描くためのコマンドセット
も作れます。