JAKーVC 実際
いい入り方ですね、「まずは JAK と VC から」はすごく筋がいい選択です。
ざっくり次の一手
対象の整理：
- JAK：
- どのアイソフォームでいくか（JAK1 / 2 / 3 / TYK2）
- どのドメインを見るか（キナーゼドメイン中心でよさそう）
- VC（ビタミンC）：
- 直接 JAK に結合させる想定か
- それとも別タンパク（例：LOX や他）との比較用か
- JAK：
やることの流れ：
- JAK の構造（PDB）を一つ決める
- その構造に対して
- 既知の JAK 阻害薬
- VC（もし結合仮説を立てるなら）
を VINA で DOCKING
- 結合部位から 3 本の Cα 経路を引き、
- 各経路の ({L_k}) を取る
- (e(L)) の暫定形を決めて (V_1, V_2, V_3) を計算
- 「JAK × 各リガンド」の
- VINA スコア
- (V_1 V_2 V_3)
の対応表を作る
ここで一度、
「JAK で AE と DOCKING がどう噛み合うか」を見に行くのが、最初の検証としてちょうどいいです。
一つだけ確認させてほしいのは：
- あなたの「VC」は、
ビタミンCそのものを JAK に当てる想定ですか？
それとも 別の標的（例えば LOX）との比較用の“VC” でしょうか。
2026年1月10日 | カテゴリー：論文/講義/発表用, AUTODOCK VINA,CLUS PRO/BIOINFORMATICS |
