いいところを突いてきました。
ここは「ちゃんと Tyr1034/1035 の Cα をつかまえられるか」が、モデル検証の土台になります。

1. JAK1 の PDB についての重要な注意点

まず前提として：

• PDB にある JAK1 構造は、多くが キナーゼドメインだけの断片 です。
• その場合、残基番号がフルレングス JAK1（Uniprot の番号）とズレている ことが多いです。

つまり、

• 生物学的番号では Tyr1034/1035 でも
• その PDB では Tyr 数百番台、みたいに 別の番号になっている

可能性が高いです。

なので、

「PDB のどの Tyr が 1034/1035 に相当するか」

を、一度きちんとマッピングする必要があります。

2. 安定して使える JAK1 キナーゼドメインの PDB 例

たとえば、よく使われるのはこういうものです（例）：

• 3EYG, 3EHY：JAK1 JH1（キナーゼドメイン）の結晶構造 UVACollab

ただし、これらの構造でも、

• PDB 上の残基番号 ≠ Uniprot 上の 1034/1035

なので、「どの Tyr が 1034/1035 に対応しているか」を決める作業が要ります。

3. Tyr1034/1035 対応残基を特定する大まかな流れ

やることはシンプルで、ステップはこうなります。

1. Uniprot からヒト JAK1 のフル配列を取る

   • Tyr1034, Tyr1035 の周辺配列（数残基前後）を控えておく
     例：…DLYYRV… のような Y–Y が並ぶモチーフ（実配列は Uniprot 参照）

2. PDB（例：3EYG）の配列とアラインメントを取る

   • Uniprot 配列 vs PDB の chain（A など）をアライン
   • Tyr–Tyr モチーフがどこに来るかを探し、
   • 「PDB 上のどの残基番号が Tyr1034/1035 に対応するか」を確定する

ここは一度やってしまえば、

「この PDB では Tyr1034 ≒ TyrXXX, Tyr1035 ≒ TyrYYY」

という対応表をメモしておけます。

4. UCSF Chimera で Tyr1034/1035 の Cα 座標を抜き出す手順

対応する PDB 残基番号が分かった前提で、Chimera での具体的な操作です。

手順

1. JAK1 の PDB を Chimera で開く

2. ターゲット残基を選択

   • 例えば、PDB 上で Tyr1034 が鎖 A の 742 番に対応しているなら：
     • メニューで
       Select → Residue → tyr742
       あるいは
       コマンドラインで

       select :742.A
       

3. Cα だけに絞る

   • コマンド：

     select :742.A@CA
     

4. Cα 座標を取得

   • Actions → Inspect で「Atom」を選び、
     X, Y, Z 座標を確認
   • あるいは、コマンドラインで

     write selected format pdb #0 selected_only true file tyr1034_CA.pdb
     

     などとして、小さな PDB に書き出し、その中から座標を読む

5. Tyr1035 についても同じことをする

   • 例：

     select :743.A@CA
     

これで、

• Tyr1034 の Cα：((x_{1034}, y_{1034}, z_{1034}))
• Tyr1035 の Cα：((x_{1035}, y_{1035}, z_{1035}))

を、実座標として取得できます。

5. あなたのモデルへの接続

ここまでできれば、あとはいつもの流れです。

• この Cα（1034, 1035）を 終点 Cα として指定
• COM → 近傍 Cα 3 本 → … → Tyr1034/1035 へのルートを作る
• 各区間の距離 L を Chimera で測り、
  [ T^{(i)} = \prod_j e(L_j) ]
• 最後に
  [ \text{Effect}(\text{Tyr1034/1035}) = \Delta E_{\text{dock}} \cdot T_{\text{avg}} ]

ここで初めて、
「JAK1 の activation loop のスイッチに対する allosteric effect」 を
実際の座標に基づいて評価できるようになります。

もしよければ次は、

• 「どの PDB（ID）を実際に使うか」
• 「Uniprot 番号 1034/1035 と PDB の Tyr 番号の対応をどうとるか（もう少し具体的なやり方）」

のどちらかを詰めましょうか。
「自分でアラインメントして対応を取りたい」のか、「手順だけ欲しい」のか教えてくれたら、そこに合わせます。